Edustajisto valitsee vuosittain ISYYn hallituksen, joka aloittaa toimikautensa tammikuussa. Hallituksessa on puheenjohtaja, varapuheenjohtaja ja enintään kahdeksan jäsentä. Hallituksen puheenjohtajisto ja jäsenet ovat opiskelijoita, jotka ylioppilaskunnan edustajisto valitsee. Hallituksen puheenjohtajiston tulee edustaa molempia kampuksia.
Hallitus tekee tärkeää vaikuttamis- ja edunvalvontatyötä ISYYssä, yliopistossa ja kampuskaupungeissa sekä tarvittaessa myös valtakunnallisesti. Hallituksen jäsenillä on omat vastuualueensa, jotta kaikki erilaiset opiskelijaryhmät ja opiskelijaelämän puolet tulevat huomioiduiksi päätöksenteossa ISYYssä, yliopistossa ja sen ulkopuolella. Hallituksen toimintaan kuuluu tiivis keskinäinen yhteistyö Joensuussa ja Kuopiossa yli kampusrajojen. Lisäksi yhteistyötä tehdään muiden ylioppilaskuntien kanssa valtakunnallisesti.
Lisäksi hallitus tapaa säännöllisesti yliopiston johtoa ja muita opiskelijaelämän kannalta tärkeitä tahoja. Tarkoituksena on tuoda esille opiskelijoiden näkökulmaa keskusteluissa ja päätöksenteossa.
Hallituksen jäsenillä on myös erilaisia omiin vastuualueisiinsa liittyviä tehtäviä.
Isyy.fi, avautuu uuteen välilehteen: Hallituksen yhteystiedot
Isyy.fi, avautuu uuteen välilehteen: Mukaan hallitukseen