Ylioppilaskunnan organisaatio muodostuu seuraavista:
– Noin 13 000 ylioppilaskunnan jäsenestä, jotka ovat ylioppilaskunnan pohja ja perusta.
– Edustajistosta (39 jäsentä) eli ylioppilaskunnan ylimmästä päättävästä elimestä, joka valitaan kahden vuoden välein vaaleilla. Edustajistolla on puheenjohtaja ja kaksi varapuheenjohtajaa. Lisäksi edustajisto voi perustaa itselleen erilaisia valiokuntia työnsä tueksi.
– Hallituksesta (7–10 jäsentä), jonka edustajisto valitsee vuosittain ja joka valmistelee ja toimeenpanee asiat. Hallituksella on puheenjohtaja ja kaksi varapuheenjohtajaa. Puheenjohtajilla on omat vastuukampukset.
– Henkilökunnasta, jotka työskentelevät kummallakin kampuksella.
– Kampusvaliokunnista, joihin kuuluu ylioppilaskunnan hallituksen jäseniä sekä ISYYn jaostojen puheenjohtajat.
– Jaostoista. Molemmilla kampuksilla toimii kolme jaostoa: edunvalvontajaosto, vapaa-ajan jaosto ja järjestöjaosto.